Kubo, a furcsa, de kedves fiúcska elszigelten él anyjával, de rendszeresen lejár a közeli faluba, hogy samiszenjével, és történeteivel szórakoztassa az ott lakókat. Napnyugtára mindig visszatér anyjához, egyszer azonban a falu melletti erdőben éri az este, ezzel pedig megkezdődik Kubo veszélyekkel…